大蒜基肥要以有机肥为主。有机肥通常指圈肥、鸡粪、鸭粪、厩肥、堆肥、饼肥等。基肥的施用量是否充足，直接关系到大蒜蒜头的商品性和植株的越冬性能，因此在生产上给大蒜施足基肥。
基肥的施用量应根据大蒜的目标产量和单位面积产量的需肥量等多种因素综合考虑确定。要求施用猪圈肥2500-3000公斤，或厩肥4500-5000公斤。有条件的可施用棉籽饼等饼肥50-100公斤。也可用苜蓿等绿肥作物压青、鲜草沤制等作基肥施用。配合有机肥作基肥施用的化肥通常有过磷酸钙、氮磷复合肥、氮钾复合肥或三元复合肥等。每667平方米施用标准氮肥75公斤左右。氮素化肥要有2/3作基肥施用，1/3作追肥施用。磷、钾肥绝大部分作基肥施用。磷肥使用过磷酸钙30公斤左右。磷肥作基肥施用时，无论是过磷酸钙，还是钙镁磷肥，都要与有机肥混合施用，浅耕翻入耕层。钾肥的施用数量，一般每667平方米施用硫酸钾30公斤左右。
大蒜基肥的施用方法，一般是将有机肥的一半在耕地前施入，均匀地撒施在土壤表面，结合耕地，将肥料翻入地下；另一半在播种时，集中进行沟施，并使肥、土相混，然后播种。如以碳酸氢铵或有机肥作基肥时，要开沟埋施，或随水浇施，施用后结合整地使肥与土壤混合均匀。磷肥的施用最好是浅施、集中施或分层施。一有可在耕地前施用一部分，另一部分在耕后栽蒜时施用，或在整地后浅施在地下6-10厘米处，以利幼苗吸收利用，培育壮苗，提高磷肥当季利用率。钾肥可在耕地时，随耕地随撒施，翻入地下即可。
