大鳄龟头尖，小鳄龟头圆；大鳄龟的背甲峰明显，小鳄龟的甲峰不明显；大鳄龟尾巴长，小鳄龟尾巴短；大鳄龟的嘴比小鳄龟长，舌头是红色的结构，而小鳄龟没有。在人工温度控制条件下，大鳄龟鱼从250克长到2500克需一年，50克左右的小鳄龟长到2500克或7克左右的稚龟平均长到1500克仅需1年。
一、头部不同
大鳄龟头尖，小鳄龟头圆。大鳄龟上颌像鹰嘴，钩大，小鳄龟上颌像钩子。大鳄龟可以扭头突然袭击其他动物，小鳄龟可以连同身体一起扭头寻找攻击目标。
二、嘴部不同
大鳄龟的嘴比小鳄龟长，舌头是红色的结构，小鳄龟没有这些特征。
三、背甲不同
大鳄龟的背甲峰明显，小鳄龟的甲峰不明显，几乎是平背，背甲看起来很圆。大鳄龟的背甲上有3根凸起的纵向脊、褐色、每个盾片都有突起物、腹甲棕色、有上缘盾，小鳄龟的背甲棕黄色或者黑褐色、具有3根纵向棱脊，肋盾略隆起，随着时间推移棱脊逐渐磨耗。
四、腹部不同
大鳄龟腹部有无数触须，小鳄龟腹部只有少量触须，腹甲灰白色，没有上缘盾。
五、尾部不同
大鳄龟尾巴长，小鳄龟尾巴短，尾巴背面有锯齿脊，也称为尾棘。
六、生长速度不同
大鳄龟小时候生长缓慢，生长到250克后生长速度加快，在人工温度控制条件下，从250克到2500克需要一年时间，自然界最大的个体达到100千克以上。小鳄龟在50克以下生长缓慢，从7克长到50克需要80天左右，在温度控制条件下，50克左右的小鳄龟长到2500克或7克左右的稚龟平均长到1500克仅需1年。在自然状态下，小鳄龟的个体可以长到23公斤以上。大鳄龟和小鳄龟生长速度的不同主要是习性的不同导致的，大鳄龟性格懒惰，不擅长自主摄食，小鳄龟可以自主摄食，生长速度比大鳄龟快，所以国内养殖的小鳄龟比大鳄鱼多。
