消毒是杀灭或降低病原体数量的有效手段。
鸡舍曝光，自然消毒
新建鸡舍，因为场地干净，没有污染，鸡群健康，发病少，效益高。随着饲养批次的不断增加，各种疾病接踵而来，发病率、死亡率明显增加，养殖效益下降。因为消毒不彻底，各种病原体繁殖、污染，达到致病浓度所致。
建议：鸡舍采用简易搭盖，屋顶采用条纹塑料膜遮盖，达到防晒、防雨、防风吹。当饲养的土鸡出栏后，翻开塑料膜，清理垫料等。保持干净后，让整个鸡舍，屋架及场地彻底暴露在阳光下，经日晒、风吹、雨淋1～2个月后，病原体基本被杀死，方法简单，成本低，又彻底，到下一批土鸡进场时，只需重新盖上塑料膜即可，又是一个全新干净的鸡舍。
鸡舍日常消毒和带鸡消毒
日常消毒 整个鸡场内的环境通道应定期清扫，每隔5 d用2%的烧碱溶液消毒2次，鸡舍和饲养用具每周进行2次以上消毒，可用0.3%过氧乙酸溶液，3%漂白粉混悬液进行喷雾消毒。
带鸡消毒 带鸡喷雾消毒能够杀死或减少鸡舍内空气中漂浮的病毒和细菌，沉降鸡舍内漂浮的尘埃，抑制氨气的产生和吸附，可用0.015%百毒杀溶液，0.5%的强力消毒灵，0.3%的过氧乙酸和0.1%新洁尔灭溶液进行带鸡消毒。
药物选择 一是对病原体具有强大的杀灭作用;二是长期使用对鸡体无毒副作用;三是检测无残留;四是对人体无不良影响;五是经有关部门检验得到饮水消毒的使用许可的氯剂如漂白粉、次氯酸钠，阳离子与两性离子表面活性剂如百毒杀，新洁尔灭等，应严格按使用说明书进行使用。
