清塘消毒：清塘消毒是控制环境病原体的基础工作。特别是室外的甲鱼鱼混养池和精养成甲鱼池，由于接触外界病原体的机会多、面积大，所以清塘就显得特别重要。一般清塘可用生石灰于法清塘和漂白粉带水清塘。
环境消毒：有许多病原体是从环境通过某种媒介进入养殖水体的。如雨水、风尘、空气流动、动物迁徙等。所以环境消毒也是控制病原体的一种必要措施。环境消毒可用“溴铵”、“强力海因”、“金碘”、“强灭灵”等。采用喷雾、扬洒等方法进行。
工具消毒：养甲鱼管理中的工具因直接与养殖对象接触，故也是传递病原体的途径之一。所以，要做好定期消毒，消毒可用“强力海因”，也可用“强灭灵”消毒剂采用喷雾、浸泡的方法进行。天晴时也可拿到户外阳光下曝晒。平时应保持清洁。工具消毒一般要求隔2-3天消毒1次。
池水消毒：饲养期间池水会随甲鱼的排泄物增多而败坏，使病原微生物等大量萌发，应以生态养殖之微生物制剂(强力新卫素)，采以菌制菌方式，再加上离子交换作用之制剂(绿水宝)进行水质生态平衡，以达优势水质，维护有益藻类，行光合作用，增加溶氧抑制病害菌。当水质因气候或特殊状况恶化，再使用高效率之消毒剂“金碘”、“强灭灵”0.5-1ppM，降低水中含菌量。
甲鱼体消毒：甲鱼在放养、分养、运输和捕捞中难免会有操作和带些病原故在进行上述工作时，必须做好甲鱼体的消毒工作。甲鱼体消毒可用消毒类药物。消毒时一定要掌握好具体浓度与消毒时间。
