鱼缸需要经常清理，保持清洁。清理鱼缸的目的，主要是除污物，延缓水质的恶化，另外还有保持水族箱整洁和保持观赏效果的作用。此外，经常清理鱼缸还可以起到检查的作用，能及时发现隐患，如过滤器是否正常工作，角落里是否有死鱼，底沙是否已经发黑等。
清理鱼缸一般都是从缸底开始，因为鱼缸中的污物大多积存在缸底。如果从鱼缸的上层开始打扫，将脏东西搅起，使污物悬浮于水中，不易被吸出，而重新落回缸底。如果是裸缸，缸底空空荡荡，很容易看到鱼的粪便和其他脏东西淤积在缸底的表面，用虹吸管轻轻地将污物吸出来就可以了。如果鱼缸中有很多造景，如底沙、石头、水草等，清理起来可能就不太容易了。一般这些造景的根部都是积累脏东西最多的地方，有时不得不将它们轻轻移开，把脏东西清理干净。但这只能用来对付石头和沉木之类的造景，底沙和水草则不能被轻易搬动，只能用手将脏东西轻轻搅起，然后用吸管吸掉。如果底沙中没种植水草，可以用洗沙器进行清理，这样就会更干净一些。种水草的底沙因为铺设了底肥，不能过分翻动，所以不能使用洗沙器。
清理完缸底，还要清理一下鱼缸的玻璃内壁，主要是去掉附着的藻类，以免影响观赏。可以用手擦去，也可以用尺子将青苔刮去，注意不要刮掉玻璃缝中的胶。尽量不要用毛巾之类的东西擦洗，因为这会给鱼缸带来污染。下一步要清理鱼缸的过滤器，主要是清理机械过滤部分，如清洗过滤棉，冲洗一下过滤沙。一般生化球、生化棉等生物滤材不需要经常清理，只要检查一下这些滤材中有没有死鱼卡在里面就可以了。
鱼缸经过这样翻天覆地的清理后，水一般会比较混浊，需要换水1/3左右。所以一般鱼缸的清理都在换水时同时进行，换水的同时可用手抄网将水表面的杂物捞出。换完水之后，鱼缸的外表面会粘有很多的水垢和污物，需要进行鱼缸外部的清洁。外部的清洁不能使用洗洁精之类的清洁剂，只要用干净的布擦一擦鱼缸玻璃外壁、顶盖和灯管就可以了。
完成以上工作，鱼缸的清理就做完了，可能听起来非常麻烦，其实并不复杂。而且做这种照顾宠物的工作可以放松人的神经，适当调节人的精神。
