一、黄喉拟水龟在国内分布很广，安徽、福建、江苏、台湾、广西、广东、云南、海南、香港都有其踪迹，但数量较多有三大品系：
(一)越南石龟;
(二)大青头(艾氏拟水龟);
(三)小青头(普遍意义上的“黄喉”)。大青头龟主要分布在台湾和福建，小青头龟主要分布在安徽和江苏等省。根据在中国和越南相处的地理位置，养龟爱好者一般将越南石龟称南种(区域南部)，大青头和小青头龟称北种(区域北部)。
三大品系中，论个体，越南石龟体形最大，大青头次之，小青头最小。它们的个体比例为3：1.5：0.8，即同等条件下饲养，越南石龟养至3市斤，大青头龟可至1.5市斤，小青头龟只可长至0.8市斤。因小青头龟生长慢，个体小，颜色鲜艳，在同类品种中是培养绿毛龟和作观赏龟的最佳品种 。
二、品系辨别
(一)纯正的越南石龟只有如下几种辨认方法：
1、看外形：越南石龟大部分背壳是棕黑色渗透着美丽的苹果红，少部分是苹果红的背壳渗杂着棕黑色，但不管是棕黑色还是苹果红，必定有一条黑色的脊棱从背壳头部一直延伸至尾部，腹甲蜡黄色带有一种淡淡的粉红，线条分明的黑色斑纹呈现放射形，放射纹指向腹甲中央。
2、看头部：越南石龟的头部是橄榄绿色，呈比较明显的三角形状，头顶部有黑色的碎点不规则的点缀着，眼睛后黄色的斑纹四周有黑线包围着，所以面部斑纹非常清晰。
3、看眼睛：越南石龟的眼睛瞳孔呈线状，像一条黑线串着一颗黑珍珠，好似猫白天的瞳孔。
(二)大青头的辨认方法：
大青头的主要特点为黑，除喉部侧面花纹和四肢腋窝是黄色外，整个背壳有一种死黑的感觉，没有明显的黑色脊棱，整个腹甲很混浊，黑斑呈线条状向腹甲中央放射，头部圆形，没有明显的三角形，呈灰青色，面部花纹不清晰，眼睛瞳孔圆珠形。
(三)小青头的辨认方法：
小青头是最容易分辨的，它主要特点是全身偏青色或淡黄色，四肢花白，脊棱为黄色。头部圆形呈青色，散发着幽幽的青光，面部花纹不清晰，眼睛瞳孔呈圆珠形，腹甲黑斑较相似越南石龟，但比越南石龟黑斑小。
另外，黄喉拟水龟成体后很容易分辨出品系，特别是小青头，它不但个体小，而且满身青黄色，龟苗也一样。要注意的是，近年来有些养殖户用越南石龟公龟与大青头母龟进行杂交，所出稚龟和越南石龟稚龟一样也是黑色，比较容易混杂，但它始终有母体的特征，一年后其特点就完全显露出来。
黄喉拟水龟的体色变化以头部顏色的变化最快。在活动頻繁的季节如改变黄喉拟水龟的栖息环境，也许只需数周或更短的时间，黄喉拟水龟的头部颜色就会发生明显变化。人们还发现：在黄喉拟水龟的原始栖息地，栖息在同一处溪流的大约相同年龄段的黄喉拟水龟，它们四肢及甲壳的顏色基本相同。如栖息在布滿黒色鹅卵石的溪流中，黄喉拟水龟的壳色也会渐渐地变成黑色，看上去如同溪流中的一块鹅卵石，估计“石龟”的外号也是由此而生。
黄喉拟水龟的体色基本形成南深(色)北浅(色)的趋势。甲壳颜色：南种的大都偏棕黒色、北种棕灰色的较为普遍。头色：由南至北的顏色也是由深向浅的走向：深绿、灰绿、浅绿、越往北越偏黄色。当然，同一地域的种群也会有一些差异，这除了龟类遺传基因的因素外，和栖息地环境、食物及光照等等都有很大的关系。
由于气候环境的关系，黄喉拟水龟的体形大致可分为兩种：南部和北部的黄喉拟水龟体型较细小，分布于中部也就是亚热带地区的黄喉拟水龟体型较大。这是因为热带夏天高溫炎热，而溫带冬天寒冷，每年较长时间的夏眠及冬眠都使生长速度放缓下来。而栖息于亚热带一带的黄喉拟水龟，由于生长周期比南北方的都长，所以个体的体型都比较大。
龟类在长期进化过程中，因为底板都紧贴地面，不暴露给天敌，也就失去变色伪裝的迫切性。龟类底板色斑的变化是最小的，过程也最漫长。许多分布范围较狹窄的种群，底板的色斑基本是完全相同的。所以鉴別底板斑纹也是人们区分龟类各种群的重要手段之一。南北种群的黄喉拟水龟底板斑纹差异在同种属的龟中算最大的，这与黄喉拟水龟跨纬度远距离分布有很大关系。当然形成今天这种差异也是适应环境的需要，是黄喉拟水龟在原栖息地经近百万年甚至更长的时间进化才演变成现貌的。
黄喉拟水龟的底板：分布于最南端热带雨林地区的一种黄喉拟水龟，是黄喉拟水龟中最原始最古老的品种，民间素有“古石龟”之称。这种黄喉拟水龟最大的特征，就是有一副几乎是全黒色的底板。因为和三线闭壳龟的黒色底板很相近(而南方地区只把三线闭壳龟才称作金钱龟)，所以两广民间亦称这种全黒色底板的石龟为正宗“金钱底”，也是南方部份地区把黄喉拟水龟统称：“石龟”和“石金钱”的原因之一。这种“古石龟”大都栖息于漂离大陆的沿海岛屿、或半岛中近海的一端，数量稀少并不多见。也是民间养龟人家虽然偶能收得，但是从来未见有繁殖报告的原因。分布于偏南方亚热带一带的黄喉拟水龟底板黒斑的斑块，比分布偏北方的溫带黄喉拟水龟的底板黒斑的斑块要大些，并成大弧度马蹄形。而分布溫带的北种黄喉拟水龟的黒斑块较小，成无弧度的直排列，且前后黒斑之间多数不连贯。更有些北种黄喉拟水龟的底板，黑斑也逐渐退化成只有小点不明显的黒斑痕迹，或成完全无黒斑的底板，也就是很多养龟人视作较珍贵的品种，俗称“象牙板”。
