首先要了解藻类的生长形态，然后再从养殖前期做好一系列的调控措施。根据其养殖特点，“前期水养虾，后期虾养水，水好虾好，虾好水好!”的思路。
“前期水养虾”概括讲：前期水质调节至硅藻水或硅绿藻水，菌藻平衡，水质清爽呈淡黄或淡绿色，塘底有机质少，藻类净水能力强，无过多的氮元素沉积，氨氮问题、亚硝酸问题不突出。“万物始于初，而不在于通”基础打不好，后面再去调节水质也无济于事，因此对于前期的这些养水问题，是水质调节的关键点。
“水好虾好” 概括讲：前期水环境好，三高问题以及无藻类负生产力问题。三高就是指的水质败坏后，亚硝酸盐、氨氮、硫化氢问题对虾的影响。藻类负生产力指的是，藻类在小棚这种特殊构造环境中，藻类衰亡—新生频繁轮转，给塘底带来了过多的死藻毒素，对虾摄食后，肝中毒、萎缩、肿大等一系列肝问题就会不断出现。
而且，这些死藻毒素是以绿藻为居多，绿藻种群大而密集，轮转消亡后，因其竞争力强，水体藻相达不到硅绿藻平衡，水质还是以绿藻种群为主。然后绿藻持续轮转消亡，产生的藻毒素也是持续长久存在，它不同于硅藻种群稀疏，消亡后硅藻就会转变成硅绿藻平衡水质。
在小棚养殖模式中对于绿藻的定位，在其大量生长主导水体藻相，水体呈浓绿、浊绿，就可以定位为害藻相。硅绿藻同时存在主导水体藻相，定位绿藻为有益藻类。可以这么讲，小棚养殖有些问题是很矛盾的!
“后期虾养水” 概括讲：到了中后期，因养殖空间小、密度大，虾会把水搅的混浊不堪，而这些浑水正是小棚养殖中所追求的水质。“正所谓浑水养大虾，来源于此”这就是小棚养殖的精髓。浑浊的水体，绿藻因其自身生长特点，喜强光，不喜若光，刚好抑制了绿藻称霸水体藻相，败坏水质的问题。而硅藻正好符合这种生长环境，喜弱光，不言而喻，硅藻主导水体的藻相。
也许讲到这里有些人就会有疑问了，水混了，而硅藻净水能力又很差，那么亚硝酸盐问题不就来了吗?对于这个到了中后期这些就已经不是问题了，从中期就开始慢慢把水体盐度调至8格往上走，亚硝酸盐问题在高盐度水体影响就不大了。
“虾好水好!”概括讲：到了后期，虾的活力好，把水体都搅成黄混的硅藻水，这样小棚养殖中最头疼的“藻毒素”问题就可以解决了。小棚到了后期如果水还是绿悠悠的水色，就说明这塘虾就养失败了，没什么虾了。因此小棚养殖不同于常规外塘养殖的思维，小棚养殖强调的是控藻养殖的思维。
那么对于调控好的养殖水环境我们该采取什么措施了?
调控措施 ：
1、从养殖前期开始每天少量多次加注井水，缔造硅藻生长环境。硅藻因其生长种群小，藻类消亡不会对小棚水体带来过多的变化，避免绿藻的生长种群形成。
2、根据水体浓度定期套蓄水池里经过无藻处理的河水，防止绿藻的优势种群的形成。
3、根据小棚藻类生情况，视情况定期补菌种，来压制藻类的疯长。(一般3-5天补一次菌，用量是同比外塘的4-5倍以上。)
4、在绿藻生长过于旺盛阶段，可外泼腐植酸钠降低藻类的活性，再作用菌种压制。(腐植酸钠主要起遮光抑制藻类的生长。)
