挑孔雀鱼的时候还有一个重要因素，就是你养殖的原因是育种还是观赏。如果仅仅是为了观赏，没说的当然是挑选颜色艳丽、尾鳍长大、各鳍发育完善的个体。当然如果你是为了培育良好的孔雀品种就要注意种鱼的挑选了。
一般来说挑选孔雀鱼的原则和挑七彩没多大分别。无非是要求体表无异常、无伤口、鳍肢无破损、无白毛.白点等增生物、索饵意识强烈等等。 通常来说要注意：
1、尽量挑选身体没有外伤的孔雀，更严格一点，最好整缸里都没有受伤或死亡的孔雀鱼，免得将病源带回家，新鱼下缸的时候也要注意，最好不要将鱼店的水倒入鱼缸里面，同时也不会将新买进的孔雀和已经饲养一段时间的孔雀养在一起，而是将新买回来的孔雀鱼在检疫缸中先隔离检疫，目的就是为了避免已经养过一段时间的孔雀对于新进来的孔雀带入的细菌，没有抵抗力造成孔雀鱼的死亡。
2、挑选各鱼鳍都没有紧缩的，如果鱼鳍紧缩，表示孔雀鱼已经不太能适应环境了，或是水中的细菌量已经过高，如果再买回去的过程中又有很大的变动，大概孔雀鱼一回去就会躺在缸子底下。
3、会抢食饲料的，表示健康情况应该不错。
4、观察孔雀鱼是否有体内寄生虫，可以观察肛门部份的地方，是否有一 分岔状的红色突起;或是有肿起，如果是的话表示带有体内寄生虫，最好是不要买，除非你有把握治好!从外表看得出来的已经算是成虫了，但是体内是否有虫卵或是幼虫，就无法从外表看出，而且初期几乎没有任何异状况且一旦带有寄生虫的孔雀鱼进入你的鱼缸，那么很容易让寄生虫传染到每一只健康的孔雀鱼，那时问题就很麻烦了! 如果是以培育新品种为目的，最好挑选年轻一点的孔雀，虽然完全成熟的孔雀不论雌雄都很美丽，但是可能超过生育黄金时期，所以最好是挑选年轻有活力的孔雀，强壮的公鱼会尾随在母鱼后面，不停的追逐母鱼。 另外，好的种鱼不一定都是那些尾鳍大的、花纹艳丽的。而是那些有着良好特征。
