黑豚鼠性成熟早，一般母豚35～45日龄，公豚70日龄就有性征表现，但母豚最好在70日龄后再配种繁殖。
性别鉴别用手压迫会阴部，看有无阴茎出现和外阴部形状，即可确认公母。捕捉检查时，用右手按住黑豚鼠的背部，用拇指握住其左肩，其他4指握住右肩及胸部，这样轻轻拿起来后用左手托住它的身体。
选种种豚要选择体态丰满，骨粗壮、肢形正、眼明亮，营养状况发育良好，毛色光亮，皮肤柔软有弹性，公豚睾丸对称，大小一致，母豚外阴发育正常。
交配黑豚鼠发情持续时间为1～18小时，平均9小时，发情时间大多在下午5点至次日凌晨5点之间，母豚发情交配后，阴道口有明胶样的混合物，根据这种栓塞物的有无，可以判断黑豚鼠是否交配成功。一般情况下，留作原种繁殖的黑豚鼠，都采用一公一母的交配法进行，即每个养殖池只放1对种豚，母豚应在幼豚断乳后，再让它们同居繁殖。可以在母豚产仔后的半天内把公豚放入进行血配。配种率、繁殖率都高。大群饲养时多采用3～4只母豚放入1只公黑豚鼠进行交配，切忌放入2只公豚，以防格斗而影响配种。
生育母豚性周期为16天，发情持续时间为1～18小时，平均为9小时。母豚妊娠期为56～68天，怀仔数为3～5只，多的可达6～9只。幼豚15天后断奶，断奶后分开喂养，通常情况下60～80天饲养即可达到商品鼠要求。妊娠期间，除了提高饲料的数量和质量外，场地要保持安静、清洁，闲杂人员不能随意出入。要保证日粮新鲜，少喂多餐。妊娠后期要在笼内放置干草，让母豚营巢准备分娩。仔黑豚鼠的哺乳期夏季为15天，冬季为20天，哺乳期应增加母豚的饲料营养。黑豚鼠繁殖率高，免疫力强，种豚利用年限为3年，在饲养过程中无需免疫接种和药物防治。
