大雁蛋产出后往往被粪便、垫草污染，蛋壳表面的细菌和微生物大量繁殖，通过蛋壳、壳膜上的气孔进入蛋的内部，会影响胚胎的正常生长发育。种蛋存放时间越长，细菌和微生物在蛋壳表面繁殖就越多，胚胎感染疾病的机会就大。
1.高锰酸钾溶液浸泡消毒法
将高锰酸钾配成0.01%-0.05%的水溶液置于大盆内，将种蛋放人盆内浸泡2~3分钟(水温保持在40℃左右)，并洗去污物，取出晾干后贮存或人孵。用此种方法消毒较好，对操作人员的毒副作用也小，建议此种方法为首选。
2.新洁尔灭溶液浸泡消毒法
用0.1%的新洁尔灭时温水溶液(水温保持在40℃)浸泡种蛋1~2分钟，捞出沥干，放在贮蛋室贮存或人孵。此种方法操作简便易行，且对人体危害小，对环境也无污染，在实践中比较常用。但注意在使用新洁尔灭时，切忌将肥皂、碘、高锰酸钾、升汞和碱等物质掺人，以免药液失效。新洁尔灭能使细菌蛋白质凝固、变性，从而破坏细菌的代谢过程，达到灭菌的效果。
3.百毒杀喷雾消毒法
百毒杀是含有嗅离子的双链四级胺化合物，对细菌、病毒、霉菌等均有消毒作用，没有腐蚀性和毒性。孵化机与种蛋消毒，可在每10升水中加人50%的百毒杀3毫升，进行喷雾消毒。
4.新洁尔灭喷雾消毒法
取5%的新洁尔灭原液，加50倍40℃的温水，配成0.1%的消毒液，用喷雾器喷洒在种蛋表面，约经5分钟药液干燥后，即可人孵或送入蛋库。该溶液切忌与肥皂、碱、高锰酸钾等配用，以免失效。
5.碘溶液消毒法
在1干克水中加人10克碘片和15克碘化钾，使之完全溶解，然后倒入9千克清水中，搅拌均匀。将种蛋放在碘溶液内浸泡约1分钟，洗去污物，也可杀死蛋壳上的杂菌。注意:溶液温度应保持在40℃;碘溶液使用后，浓度会降低，为确保消毒效果，应适当增加新配溶液或延长浸泡时间。
6.福尔马林浸泡消毒法
将福尔马林(含40%甲醛)配成1.5%的溶液，种蛋在其中浸泡2~3分钟，取出滤干即可人孵。要注意溶液温度应保持在40℃左右。
7.福尔马林熏蒸消毒法
先将清洗的种蛋摆放在架上，置于密闭容器内，下面放一瓷盆或碗，按每立方米体积20毫升福尔马林、10克高锰酸钾的药量计算，将二者混合，利用反应产生的烟雾，杀死病原体，达到消毒的目的。操作时一定要先放高锰酸钾，后放福尔马林。人员要迅速离开，关好门。密闭熏蒸20~30分钟后将蛋取出。
尤其要注意，此种消毒的方法中药品高锰酸钾和福尔马林反应非常剧烈。另外，还要牢记这两种物质的放入秩序。如果先放福尔马林液体，后倒入高锰酸钾，反应物有飞溅到人身体上的危险，会对人体造成伤害。反应产生的气体对人体也有毒害作用。因此，人不要再消毒室内停留。此种方法虽然消毒效果好，但操作时需加倍小心。
