徐闻菠萝原料供给不够稳定
虽然徐闻菠萝采摘后的商品化处理、加工综合利用及市场营销日益受到重视，初步形成以罐头加工为主打产品的产业化经营链条，但是综合利用率还是太低，这就直接导致了鲜果原料供应不足。相关菠萝果汁加工企业普遍反映了“吃不饱”的现象。据相关产业的负责人透露，因为菠萝的量不够加工，一年的工作有大半年是在休息，无事可做，这也间接导致了利润的流失。
徐闻菠萝深加工有待进一步发展
徐闻的菠萝企业对于菠萝叶、菠萝纤维的加工综合利用率低，仅开发出袜子、凉席等初级产品，这与该产业尚未形成完整的产业链有关，研究成果还处于试验阶段。个别企业已开始提取、生产菠萝蛋白酶，这在国内尚属于稀缺行业，虽然前景可观，但目前还处于初期阶段，年产量十分有限。
徐闻菠萝缺乏足够的竞争力
徐闻菠萝产业缺乏国际综合竞争力主要表现在以下几个方面：
1、产品质量档次低。我县曲界镇菠萝的主要出口品种是糖水菠萝罐头，大部分只属中、低档产品，卖价一般较高档产品每吨低100美元左右。鲜果产品由于种植品种和保鲜、贮运等条件的不配套，至今仍没有实现批量出口。
2、缺少优质鲜果原料。我县种植的品种大多属不大符合加工要求的皇后类巴厘种和菲律宾种，加工果汁出汁率低而且果酸含量达不到欧美国家消费者的要求，加工罐头又不能生产档次最高的全圆大径菠萝片，产品档次较低。
3、出口企业生产规模还较小，没有形成规模效益。
4、加工业机械化水平低。主要生产环节大都是人工操作或半机械化作业，不仅加工效率低、成本高而且产品质量尤其是卫生指标受到较大影响。
