一是注水的早慢。菌棒在出田排棒之后，有两种管理模式。一种是脱袋之后，先出一批菇，然后再注水。另一种是先注水，然后再脱袋出菇。这两种方式的运用是由菌棒的轻重来决定的。菌棒如果还重，一般来说15-55的袋子，水分在3斤以上时，宜脱袋出菇后，再注水。菌棒如果轻，一般来说15-55的袋子，水分在2.8斤以下时，宜注水后，再脱袋出菇。菌棒要注水，首先是菌棒要成熟。只有判断菌棒成熟后，才能开袋或注水出菇。如果菌棒不成熟就注水出菇，那就会增加管理的难度，菌棒会烂棒、烂心。最终导致很大的损失。菌棒如果在出菇，特别是头潮菇，菌棒的水分都不高，菌棒容易缺水。当菌棒出菇很多时，菌棒中仅有的水分被所出的菇拔出，菌棒的水分就会随所出的香菇蒸发，菌棒就会缺水非常严重。此时如果不注水，菌棒中的菌丝就会因为严重缺水，导致菌丝变细变弱，活力减退。这样菌棒就会因为菌丝细小，而变得柔软不硬，容易散掉。出来的菇也是个头小，菇肉薄。菌棒的产量也会很低。所以，当菌棒在大量出菇时（往往发生在第一潮菇），菌棒在这潮菇还没出完时 （快要结束时），就要及时注水补水，否则菌丝就会失去活力，菌棒就一下子恢复不过来。不好好管理就会没有产量，导致种菇失败。
二是注水的轻重。在种菇过程，注水的轻重是很关键的。太轻了不出菇，太重了又会烂棒。特别是第一次注水时，秋栽的往往正好是十月小阳春，温度很暖和，最容易烂棒、烂心。而菌棒在第一次和第二次注水时，最容易吸水，不小心菌棒就会一下子太重了，很难控制注水量。那这么办呢？在第一次和第二次注水时，最好用一枚或两枚注水针注水。同时所注的水不要太冲，这样好控制水量。菌棒注完水后的重量，应该在3.2-3.5斤之间为最好（15-55的袋子）。菌棒在第三次注水时，你就无论这么注水，都没关系了。切忌第一次和第二次注水时，图省力、图快，而用多枚注水针注水。
三是注水的次数。菌棒注水的次数，我们通过多年的实验。一个菌棒从出菇到结束，只需注三次水，泡一次水为最好。菌棒的补水总共四次。合理安排注水，菌棒的产量会很高，菌棒的营养也基本耗尽。有些地方菌棒的注水次数四次或五次，甚至更多。这样是不科学的。这样很费工费时，人会很累，而且产量不一定会高，是得不偿失的。我们讲的三次注水和一次泡水，是这样的：每次注水，菌棒都有注水菇，同时又有回潮菇。刚好菌棒注一次水有两潮菇。菌棒三次注水就有六潮菇。加上最后一次泡水的菇，菌棒从出菇到结束至少有七潮菇。这样菌棒还有什么营养不出完呢！所以，只要合理安排好注水和泡水，菌棒的产量很高。既省工省时，又能把菌棒的营养出完。
