酸雨可导致土壤酸化，酸化的土壤肥力减退，会导致农业减产。土壤中含有大量铝的氢氧化物，土壤酸化后可加速土壤中含铝的原生和次生矿物风化而释放大量铝离子，形成植物可吸收的形态的铝化合物。植物长期和过量地吸收铝，会中毒，甚至死亡。
酸雨对农业的影响大小，还与酸雨发生地的土壤酸碱度、种植的不同农作物的耐酸性有关。农作物分为敏感性农作物、中等敏感性农作物和抗性农作物三类：敏感农作物有大麦、棉花、大豆、菠菜、胡萝卜和辣椒等；中等抗性农作物为小麦、菜豆、花生、黄瓜、油菜和番茄等；抗性农作物为水稻、玉米和马铃薯等。
以蔬菜为例，在pH值为3.5的高酸性环境里，酸敏感蔬菜番茄、芹菜、豇豆和黄瓜产量可下降20%；而有中等敏感性的生菜、四季豆和辣椒产量下降10%～20%；抗酸性较强的青椒、甘蓝、小白菜、菠菜和胡萝卜的产量下降低于10%。
酸雨条件下农作物幼苗的生长受到抑制，生物量减少，叶绿素和类胡萝卜素含量下降，而叶绿素a/b的变化却不明显。酸雨会加速土壤矿物质营养元素的流失；改变土壤结构，导致土壤贫瘠化，影响植物正常发育；酸雨还能诱发植物病虫害，使作物减产。
酸雨可抑制某些土壤微生物的繁殖，降低酶活性，土壤中的固氮菌、细菌和放线菌均会明显受到酸雨的抑制。种子从吸胀开始到水合与酶的活化，这个阶段吸胀基本结束，种子细胞的细胞壁和原生质发生水合，原生质从凝胶状态转变为溶胶状态。
出现酸雨后，各种酶开始活化，呼吸和代谢作用急剧增强。如大麦种子吸胀后，胚首先释放赤霉素并转移至糊粉层，在此诱导水解酶（α-淀粉酶、蛋白酶等）的合成。水解酶将胚乳中贮存的淀粉、蛋白质水解成可溶性物质（麦芽糖、葡萄糖、氨基酸等），并陆续转运到胚轴供胚生长的需要，由此而启动了一系列复杂的幼苗形态发生过程。
