常用的发酵腐熟方法是高温堆肥，是利用好热性微生物将农业废弃物中能够分解的有机物进行生物降解，使其成为一类肥沃的腐殖土物质的过程，通过这一过程，能够使纤维素分解为腐殖质，成为能被植物吸收利用的养分。同时，发酵过程中的高温可将其中多种有害生物杀死。
一、方法步骤
1、原料：作物秸秆、枯枝、树叶及杂草（要铡成5～15厘米）、生活垃圾等，人畜粪便占重量比的不少于10%，人畜粪便越多越好。
2、混料：将原料混均，加入一定量的水（含水量50%～60%），有条件的均匀混入0.1%～0.2%的专用堆肥发酵菌剂。加入发酵剂发酵腐熟快、彻底；不加，原料自身有一定量的发酵菌。
3、堆积：将混料堆积，底宽各2～3米，高1.5～2米，长不限。混料的充实程度以自然堆积时实度为好，堆好后在堆上覆盖塑料薄膜以保温、保湿。
4、翻堆：堆腐20天后进行第一次翻堆，再继续堆腐20天，进行第二次翻堆。当堆肥表层形成以真菌菌丝为全的白毛时，标志堆肥进入嫌气发酵（不需要氧气参与）阶段，此时应将肥堆压实，用塑料薄膜密封，作用是保温、保湿和防止氮肥的损失，使其缓慢地进行后期的腐熟。一般堆肥所需时长，夏季约需1～2个月，冬季约需3～4个月即可腐熟使用。
5、场地选择：高温堆肥地址要求不严格，一般选在地势平坦干燥，水源充足，交通运输方便的路边或地头。
注意事项：
1、料堆中不要掺土，因掺土会导致发酵较慢，影响腐熟过程中堆肥温度升高，延长腐熟所需时间，质量较差。温度、含水量与氧气浓度能够影响农家肥腐熟度，腐熟度最佳温度为70℃～80℃，最佳含水量为48.6%～59.8%。
2、腐熟程度农家肥腐熟程度以完全腐熟为好，但在实际操作中常达不到完全腐熟，即半腐熟。
3、半腐熟：农家肥在堆积过程中经过微生物的作用，有机质分解矿化，植物组织推动了原来的坚韧性，变成柔软的物质，可见原来形状，但不刺手，很易折断破碎，呈棕褐色，即半腐熟。
4、全腐熟：植物组织经分解作用，完全丧失了原来的形态特征，看不出原来形状，变成松软一团，即全腐熟。全腐熟标志有：原来的混料呈褐色或灰褐色，粒状或粉状，堆温降低，物料疏松，无原料本来的臭味，稍有氨味，堆内产生白色菌丝。
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