土蜂蜜的颜色差异源于复杂且多变的蜜源组成，同一地区的土蜂蜜可能有不同的颜色，即便是同一养蜂场的土蜂蜜在颜色上也可能存在差异。通常，土蜂蜜比其他蜂蜜的颜色深，其中常见的颜色包括深琥珀色、琥珀色以及浅琥珀色等。土蜂蜜和其他蜂蜜一样在一定条件下会结晶，结晶后土蜂蜜的颜色逐渐变浅，如浅黄色、浅琥珀色等。
一、酿制蜂种
土蜂蜜是“土蜂”蜜不是“土”蜂蜜，也就是说，土蜂蜜是由土蜂酿造的，而土蜂是中华蜜蜂（简称中蜂）的俗称。它通常分布在中国各地的山区环境中，最大的特点是善于使用零星蜜源，从而导致土蜂蜜的蜜源非常复杂。事实上，土蜂蜜的许多特点也来自复杂多变的蜜源。
二、蜜源构成
土蜂蜜的蜜源非常复杂且差异性很大。原因是各地的蜜源分布本身存在很大差异，同时中蜂有效采集半径内（约3公里）的蜜源也可能不同。另外，根据蜂群的不同对蜜源植物也存在不同的偏好，从而造成土蜂收集的蜜源不可能完全相同，进而造成土蜂蜜存在着不同的颜色。
三、颜色差异
土蜂蜜是由中蜂采集多种花蜜酿制成的。由于不同地区蜜源的分布可能存在着的差异，不同蜜源酿制成的土蜂蜜也有不同的颜色，甚至同一地区的土蜂蜜也可能有不同的颜色。然而土蜂蜜的颜色普遍较深，其中常见的颜色包括深琥珀色、琥珀色及浅琥珀色等。
四、自然结晶
土蜂蜜和其他蜂蜜一样在一定条件下会结晶，结晶后土蜂蜜的颜色逐渐变浅，如浅黄色、浅琥珀色等，为什么土蜂蜜结晶后颜色变浅？原因是土蜂蜜结晶实际上是葡萄糖析出的过程，而析出的葡萄糖晶体本身是白色的，所以土蜂蜜在结晶后颜色会变浅，但绝对不会变成纯白色。
