一、蜂种
土蜂蜜和普通蜂蜜的酿制蜂种不同，其中土蜂蜜是中蜂(中华蜜蜂)酿制成的，而普通蜂蜜则是意蜂(意大利蜜蜂)酿制成的，实际上在意蜂尚未引入之前我国的蜂蜜基本都是土蜂蜜，但在意蜂引入之后意蜂酿制的普通蜂蜜又逐渐主导了蜂蜜市场。
二、蜜源
土蜂蜜和普通蜂蜜的蜜源构成不同，其中土蜂蜜是中蜂采集山野百花的花蜜酿制成的，而普通蜂蜜则是意蜂采集大宗蜜源的花蜜酿制成的，另外普通蜂蜜根据主要蜜源不同还可再细分，例如意蜂主要采集槐树花蜜酿制成的便是槐花蜜(洋槐蜜)。
三、营养
土蜂蜜和普通蜂蜜的营养组成不同，虽然蜂蜜的主要成分都是葡萄糖和果糖，且尚含少量蔗糖、氨基酸、维生素、矿物质及酶类等活性物质，但土蜂蜜的蜜源构成比普通蜂蜜要复杂得多，因此土蜂蜜中营养物质的组成也比普通蜂蜜要丰富得多。
四、产量
土蜂蜜和普通蜂蜜的稀缺程度不同，其中中蜂一年仅仅只能取1～2次蜜，全年平均产蜜量也才10～15斤，而意蜂的产蜜量与中蜂完全不能同日而语，气候适宜时一个大流蜜期一个意蜂生产群便可产上百斤蜂蜜，全年总的产蜜量甚至可达数百斤。
五、价格
土蜂蜜和普通蜂蜜的销售价格不同，其中土蜂蜜的价格基本都在100元以上，少数优质土蜂蜜也可卖到200～300元一斤，而普通蜂蜜则多数都在30～60元一斤，原因是土蜂蜜的营养成分比普通蜂蜜更丰富，加之土蜂蜜的产量也比普通蜂蜜更稀缺。
综上所述，土蜂蜜和普通蜂蜜是截然不同的蜂蜜，其中土蜂蜜是中蜂采集山野百花酿制成的，而普通蜂蜜则是意蜂采集大宗蜜源酿制的，两者不管是营养价值还是产量都有明显差异，另外土蜂蜜的价格往往也比普通蜂蜜高得多。
